Особое место в системе экологической безопасности занимают водные вопросы: дефицит водных ресурсов, загрязнение, обеспечение населения питьевой водой, использование трансграничных рек. Не решен вопрос о распределении и использовании трансграничных рек, которые являются основным источником питьевой воды для населения Центрально-азиатского региона. С начала ХХ века население нашей планеты составляет 1 миллиард человек. Рост до 6 миллиардов соответственно сократил количество воды на душу населения в 6 раз, и в настоящее время 80 стран мира испытывают дефицит водных ресурсов. Эта ситуация еще больше усугубляется трансграничным характером рек. 40% населения мира проживает на территории 300 речных массивов, имеющих статус трансграничных.
Для стран Центральной Азии в настоящее время существует проблема нехватки воды. Если эту проблему не решить вместе, проблема может усугубиться. Если каждое государство стремится рассматривать и решать этот вопрос с эгоистической точки зрения, ситуация ухудшается.