В Монгольской империи существовали такие религии и верования, как ислам, христианство, иудаизм, буддизм, даосизм и манихейство. Чингисхан и его потомки старались относиться к духовной жизни народа с максимальной терпимостью. Однако среди правителей некоторые ханы давали определенные привилегии некоторым религиям или были против них. Сначала потомки Чингиса поддерживали божественность, но позже они проявили свою склонность к местным религиям.

Вопрос религии - одна из важнейших тем в истории Чагатайского улуса. Развитие и экономическая стабильность государства определялись не только войной. Ислам сыграл свою роль в изменении образа жизни чагатайского народа, улучшении международных отношений и налаживании торговых связей.

Эпоха жизни Чагатайского улуса совпала с периодом, когда суфийские тарикаты в Центральной Азии активно занимались иршадом. Территория улуса включала в себя такие крупные города, как Бухара, Самарканд, Кашкар, которые были выдающимися центрами исламской культуры и цивилизации, а большинство местного населения и армии состояли из мусульман. Таким образом, природные условия позволили кочевой монгольской военной аристократии и монгольским племенам оставаться под влиянием ислама.

Конец XIII века - начало XIV века в социальной и экономической структуре Чагатайского улуса произошли вертикальные изменения; духовенство заменило местную оседлую аристократию. Однако среди чагатайцев ислам распространялся долго и медленно, с запада на восток.

Ислам распространился среди чагахтайских ханов через Мубарак хана. В последующий период Барак хан всячески поддерживал распространение ислама, и после Тармаширин хана ислам был окончательно утвержден и объявлен официальной религией государства.