Монғол империясында ислам, христиандық, иудаизм, буддизм, даосизм және манихейшілік сынды діндер мен діни сенімдер өмір сүрді. Шыңғыс хан мен оның ұрпақтары халықтың рухани өміріне барынша төзімділікпен қарауға тырысты. Алайда билеушілердің арасында кейбір діндерге бірқатар артықшылықтар бергендер немесе қарсы ұстанымдағы хандар да болды. Бастапқыда Шыңғыс ұрпақтары тәңіршілдікті қолдаса, кейіннен келе жергілікті діндерге бейімділігін көрсетті.

Шағатай ұлысының тарихында дін мәселесі өзекті тақырыптардың бірін құрайды. Мемлекеттің дамуы мен экономикалық тұрақтылығы тек жаугершілік соғыспен шешілген жоқ. Шағатайлықтардың өмір сүру салтының өзгеруінде, халықаралық байланыстарды жақсартып, сауда байланыстарын орнатуда ислам дінінің өзіндік рөлі болды.

Шағатай ұлысының өмір сүрген дәуірі Орталық Азиядағы сопылық тариқаттардың иршадпен белсенді айналысқан кезіне тұспа-тұс келді. Ұлыстың территориясы ислам мәдениеті мен өркениетінің көрнекті орталықтары болған – Бұхара, Самарқанд, Қашқар сияқты ірі қалалары бар аумақтарды қамтып, жергілікті халық пен әскердің басым бөлігі мұсылмандардан құралды. Көшпелі монғол әскери ақсүйектері мен монғол тайпаларының ислам дінінің ықпалында қалуын осылайша табиғи шарттар да орайластырды.

XIII ғ.соңы – XIV ғ. басында Шағатай ұлысының әлеуметтік-экономикалық құрылымында тігінен өзгерістер жүзеге асырылды; жергілікті отырықшы ақсүйектердің орнына дінбасылар келді. Дегенмен, шағатайлықтардың арасында ислам діні батыстан шығысқа қарай ұзақ, әрі баяу жүрді.

Ислам діні Мубарак хан арқылы шағатайлық хандардың арасына таралды. Одан кейінгі кезеңде Барақ хан ислам дінінің таралуын барынша қолдаса, Тармашырын ханнан кейін түпкілікті орнықты, ислам діні мемлекеттің ресми діні ретінде жарияланды.